Rumah Dhu’afa Indonesia lahir di saat kondisi masyarakat yang tidak kondusif, di mana tantangan zaman semakin berat dalam menghadapi era globalisasi sedangkan moral dan akhlak bangsa semakin merosot, serta banyaknya aliran-aliran kepercayaan yang dapat mendangkalkan aqidah umat Islam, serta banyaknya anak-anak dari kalangan yatim dan dhu’afa yang tidak mendapatkan penghidupan dan pendidikan yang bermutu sebagaimana layaknya.
Maka dari itu keluarlah ide-ide cemerlang untuk mengatasi masalah yang ada di kalangan masyarakat ini dan lahirlah sebuah lembaga yang bergerak di bidang sosial dan pendidikan yang diberi nama Rumah Dhu’afa Indonesia dengan program unggulan Pesantren Tahfidz Al-Qur’an, dan Islamic Home Schooling yang bernama Sekolah Al-Qur’an Informatika (SAI) yang beralamatkan di WISMA ILMU AL-AMIN Jl. Tangkuban Perahu Blok A /73 Perum Masnaga, Jakasampurna Bekasi 17145.
Rumah Dhu’afa Indonesia awalnya bernama Rumah Yatim Al-Amin. Sejak tanggal 20 Agustus 2009 M atau bertepatan dengan tanggal 1 Ramadhan 1430 H berganti nama demi untuk mengembangkan dakwah yang lebih luas.